La mise en œuvre du parcours éducatif de santé concerne toutes les écoles et tous les établissements. Son contenu est adapté aux besoins des élèves, à leur environnement et aux ressources disponibles. 
Le parcours éducatif de santé est structuré autour de trois grands axes non dissociés, l’éducation à la santé, la prévention et la protection de la santé. Il se décline dans une approche individuelle et collective. 
En adéquation avec le socle commun, il permet d’acquérir des compétences dès la maternelle et à chacune des étapes de la scolarité et du développement de l’enfant, afin de permettre à chaque futur citoyen de faire des choix éclairés en matière de santé.
Il se décline, sur un plan individuel, notamment par l’intervention des professionnels de santé, de service social et des psychologues de l’éducation nationale, et sur un plan collectif, par des actions inscrites dans les projets d’école et d’établissement. Ces actions sont portées par les comités d’éducation à la santé et à la citoyenneté (CESC) qui mobilisent l’ensemble de la communauté éducative, dont les familles et les partenaires locaux (par exemple les agences régionales de santé, les collectivités territoriales, les associations, …).